Program Doktor adalah pendidikan formal tertinggi di universitas. Universitas Gadjah Mada merupakan salah satu universitas yang melaksanakan pendidikan formal tertinggi ini, bahkan sejak awal berdirinya, yakni pada tahun 1950 Universitas Gadjah Mada telah memberikan gelar doktor.
Bentuk dan pelaksanaan program Doktor di Universitas Gadjah Mada dari waktu ke waktu mengalami perubahan dan perkembangan. Pelaksanaan program Doktor mencapai keadaan stabil seperti keadaan sekarang, terutama setelah dilaksanakan stratifikasi pendidikan tinggi S-1, S-2, dan S-3 di Universitas Gadjah Mada, atas dasar Keputusan Presiden No. 53 tahun 1982.
Sebagai pendidikan formal tertinggi, pendidikan Doktor di Universitas Gadjah Mada sesuai dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor , mempunyai tujuan untuk menghasilkan lulusan dengan ciri-ciri mempunyai kemampuan: mengembangkan konsep baru di bidang ilmu atau profesinya melalui penelitian; melaksanakan, mengorganisasikan, dan memimpin program penelitian; melakukan pendekatan interdisipliner bagi penerapan keahliannya secara profesional.
Untuk mencapai tujuan itu, tentu saja bukan hanya pelaksanaan pendidikannya yang harus dilakukan secara sungguh-sungguh dan profesional, melainkan juga pelamar yang mengikuti program pendidikan ini dituntut memiliki kualifikasi tertentu. Sehubungan dengan hal itu Peraturan Pemerintah No. 30 tahun 1990 mensyaratkan agar Program Pendidikan Doktor terstruktur melalui jenjang pendidikan yang sudah ditentukan. Persyaratan umum untuk melewati jenjang-jenjang itu tergantung pada tiap-tiap program studi dan kualitas calon peserta yang ditentukan oleh Program Pascasarjana atas pertimbangan peer-group kelompok ilmu yang bersangkutan.
Program doctor Sain Veteriner pada awal penyelenggaraannya hingga tahun 2006 berada di bawah Sekolah Pascasarjana Universitas Gadjah Mada bersama-sama dengan program pascasarjana bidang lain di lingkungan Universitas Gadjah Mada. Selanjutnya dengan Surat Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada tahun 2006 No. 89/SK/HT/2006 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana UGM selanjutnya menetapkan Program Studi Sain Veteriner menjadi Program Pascasarjana Monodisiplin yang berkedudukan di bawah Fakultas Kedokteran Hewan UGM